Βόρεια της Λέρου οι Λειψοί, συστάδα νησιών με κύριο τη Λειψώ, απέναντι από την ακτή της Καρίας στο Ικάριο Πέλαγος, δεν αναφέρεται από κανέναν άλλον αρχαίο συγγραφέα εκτός από τον Πλίνιο που καταγράφει το νησί ως Λεψία μετά το Αγαθονήσι και πριν τη Λέρο. Εξίσου σύμπλεγμα νησιών είναι και οι γειτονικοί Αρκ(ι)οί, μεγαλύτερο των οποίων συνιστούν οι ομώνυμοι Αρκ(ι)οί, τους οποίους καταγράφει ο Αγαθήμερος τον 3ο αι. μ.Χ. στο έργο του Γεωγραφίας ὑποτύπωσις με το όνομα Ἀρκῖτις. Aνάμεσά τους συγκαταλέγεται και η Μάραθος ή Μαράθι ή Μάραθο με έκταση μόλις 355 στρεμμάτων και τρεις γραφικές ταβέρνες, τον Πειρατή, τον Σταυράκο και τον Παντελή. Από την ταβέρνα του Πειρατή ένα μονοπάτι οδηγεί στο εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου στα 200 μέτρα από τη νότια άκρη της παραλίας του Μαραθιού, ενώ καθ’ οδόν συναντά κανείς και τα ερείπια του παλαιού οικισμού του νησιού. Ο Θόλος, ένα περίεργο θολωτό κτίσμα Μεταβυζαντινής εποχής συντροφεύει το εκκλησάκι. Στους Αρκ(ι)ούς συγκαταλέγεται και η νησίδα Κουμαρός που έχει χαρακτηριστεί θαλάσσιος αρχαιολογικός χώρος, ενώ την εξ ολοκλήρου κήρυξη των Λειψών σε αρχαιολογικό χώρο με εξαίρεση την κορυφή ενός λόφου αποφάσισε το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο του Υπουργείου Πολιτισμού.
Οι Αρκ(ι)οί βρίσκονται βορειοανατολικά της Πάτμου και πολύ κοντά στο βόρειο άκρο των Λειψών. Ανασκαφές στους Λειψούς έχουν φέρει στο φως όστρακα της εποχής του Σιδήρου και σκεύη της όψιμης εποχής του Χαλκού, μέχρι και της Μυκηναϊκής ή και της Αρχαϊκής, ενώ αρχαία όστρακα έχουν βρεθεί και στην περιοχή γύρω από τον Άγιο Νικόλαο, όχι όμως προϊστορικά. Κεραμικά, ωστόσο, της Νεολιθικής εποχής, έχουν βρεθεί στην παραλία Τηγανάκια των Αρκιών, στο νοτιοανατολικό τους άκρο. Κατά τον 5ο αι. π.Χ. και καθ’ όλη τη διάρκεια του Πελοποννησιακού πολέμου (432-401 π.Χ.) στους όρμους των Λειψών καταφεύγουν πλοία και των δύο αντιπάλων παρατάξεων, ενώ τον 4ο αι. π.Χ. τόσο οι Λειψοί όσο και οι Αρκ(ι)οί συγκαταλέγονται ανάμεσα στα λεγόμενα Μιλήσια νησιά και ως τέτοια διέθεταν για την ασφάλεια των εμπορικών θαλασσίων δικτύων της Μιλήτου στρατιωτικές οχυρωματικές εγκαταστάσεις, με πύργους και οχυρά της Ελληνιστικής εποχής∙ οι Αρκ(ι)οί σε ύψωμα πάνω και βόρεια από τον όρμο της Αυγούστας και οι Λειψοί στη θέση Κάστρο, όπου έχει διαπιστωθεί εκτεταμένος αρχαίος οικισμός γύρω από την ακρόπολη στις νότιες πλαγιές και κάτω από κυκλικό οχυρωματικό τείχος.
Κατοικήθηκαν, όπως και όλα τα πέριξ νησιά, από Κάρες, Δωριείς και έπειτα Ίωνες Μιλησίους, όπως, τουλάχιστον για τους Λειψούς, μαρτυρά αρχαία επιγραφή περίπου του 170 π.Χ. σχετικά με Μιλησίους κατοίκους τους. Στην ίδια επιγραφή αναφέρεται ο δήμος των Λεψιέων αλλά και ο ἐν Λεψίᾳ Ἀπόλλων, την ύπαρξη του ιερού του οποίου επιβεβαιώνει άλλη επιγραφή των τελών του 2ου π.Χ. αιώνα. Σήμερα θεωρείται πως ο μικρός ναός του Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος πάνω στο ιερό του Απόλλωνος Λεψιέως. Την ίδια στιγμή, κι ενώ ο ποιητής Λυκόφρονας τον 3ο αι. π.Χ. αναφέρεται στους χρησμούς ενός γιατρού Λεψίου – Λεψιέως (σώζοντας έτσι το εθνικό του νησιού Λέψιος – Λεψιεύς), αλλά και Τερμινθέως, ο Βυζαντινός λόγιος Ιωάννης Τζέτζης ενώ σχολιάζει πως το Λέψιος και το Τερμινθεύς είναι επίθετα του Απόλλωνα, αποδίδει στο Λεψιεύς τη σημασία εκείνου που λέει δεινά πράγματα και καλυμμένα, χάρη στη μεταφορική χρήση της λέξης λέπος, που σημαίνει φλοιός.
Από τον φυτικό κόσμο προέρχεται και η προσωνυμία του Απόλλωνα Τερβινθεύς ή Τερμινθεύς, από την τερέβινθο, ένα δέντρο με φυστικοειδείς καρπούς. Έτσι προσφωνούσαν τον Απόλλωνα στη Μυούντα (σημ. Avşar Kalesi), μια πόλη απέχουσα μόλις 16 χιλιόμετρα από τη Μίλητο στην οποία και ενσωματώθηκε κατά τα Ελληνιστικά χρόνια και ιδρυμένη τον 11ο αι. π.Χ. από τον νόθο γιο του μυθικού βασιλιά της Αθήνας Κόδρου Κυδρήλο, όπως γράφει ο Στράβων. Έτσι, είναι πιο πιθανό η ετυμολογία του ονόματος των Λειψών να προέρχεται από τη λέξη λέπος, και όχι από το όνομα της Καλυψούς, όπως αυτό θέλει η προφορική παράδοση, εκτός κι αν εκείνη έλεγε στον Οδυσσέα δεινά και καλυμμένα, κρατώντας τον μακρυά απ’ την Ιθάκη επί επτά ή δέκα χρόνια. Ωστόσο, το νησί της κατά τις αναφορές συγγραφέων ταυτίζεται με τη χερσόνησο Θέουτα (Ceuta) στη βόρεια ακτή της Αφρικής, απέναντι από το Γιβραλτάρ και σήμερα έδαφος της Ισπανίας.
Στο Νικηφόρειο Εκκλησιαστικό και Λαογραφικό Μουσείο των Λειψών φιλοξενούνται πλήθος εκθεμάτων από τη Μυκηναϊκή εποχή έως και τους πρώτους χριστιανικούς χρόνους, με εξέχον το θραύσμα μαρμάρινου ιωνικού κιονόκρανου ενός βωμού, τεχνουργημένου σε εργαστήριο της Μιλήτου τον 5ο-4ο αι. π.Χ. Κι ενώ στη θέση Κουσέλιο έχουν βρεθεί ερείπια αρχαίου οικισμού οργανωμένου κατά τα Κλασικά έως τα Βυζαντικά χρόνια, αρχαία επιγραφή σε μάρμαρο διασώζει χρόνο εντοιχισμένη στον σημερινό ναό της χτισμένης στα θεμέλια προχριστιανικού ναού της Παναγίας του Κουσελιού. Την ίδια στιγμή, από την παλαιοχριστιανική εποχή αξιοσημείωτη είναι στην ίδια θέση μια τρίκλιτη βασιλική με ψηφιδωτά δάπεδα και βαπτιστήριο, πιθανόν του 5ου αι. μ.Χ., όπως και ερείπια τοίχων, αρχιτεκτονικών μελών και ψηφιδωτών δαπέδων στη θέση Κατσαδιά, όπου σήμερα βρίσκεται η δισυπόστατη εκκλησία των Αγίων Σπυρίδωνος και Παντελεήμονα.
Τον 8ο αι. μ.Χ. οι Λειψοί υπάγονται στο τότε Βυζαντινό κράτος, ενώ στα τέλη του 11ου αι. μ.Χ., όπως μαρτυρά χρυσόβουλλο του αυτοκράτορα Αλεξίου Α’ Κομνηνού, περιήλθαν στην κυριότητα της Μονής της Πάτμου μαζί με τους Αρκιούς που χρησιμοποιήθηκαν ως αγροκτήματα και βοσκοτόπια της. Aκόμη και σήμερα τα δύο αυτά νησιά μαζί με την Πάτμο, το Αγαθονήσι, τη Λέβιθα και τους Φούρνους ανήκουν στην Πατριαρχική Εξαρχία Πάτμου. Από τα θρησκευτικά Μεταβυζαντινά μνημεία των Λειψών εξέχουσα θέση κατέχει η Παναγία του Χάρου που έκτισαν μοναχοί από την Πάτμο το 1600 και η οποία οφείλει τη φήμη της στη σπάνια εικόνα της Θεοτόκου που κρατάει τον Ιησού Εσταυρωμένο, ενώ τους Αρκιούς κοσμεί η Παναγιά Παντάνασσα σε ύψωμα, βορειοανατολικά του οικισμού και σε απόσταση ενός χιλιομέτρου από το λιμάνι.
Όσον φορά στους κατακτητές τους κατά τα Μεταβυζαντινά χρόνια, οι Λειψοί θα υποστούν κι αυτοί την Οθωμανική κατάκτηση (1522-1912), όπως και την Ιταλική (1912-1943), κατά την έναρξη της οποίας ανήκουν μαζί με την Πάτμο στα νησιά «με κτίσματα κάποιας υστεροβυζαντινής σημασίας», στη μία δηλ. από τις τρεις ομάδες στις οποίες διαίρεσε τις δεκατρείς Σποράδες ο Ιταλός συγγραφέας Giuseppe Gerola. Κατόπιν, Οι Λειψοί υφίστανται και τη σύντομη γερμανική και βρετανική κατοχή (1943-1947) έως ότου περιέρχονται πλέον στην Ελλάδα μαζί με τα υπόλοιπα Δωδεκάνησα μόλις δύο χρόνια έπειτα από τη λήξη του Β’ Παγκοσμίου πολέμου, στις 10/2/1947 με τη Συνθήκη των Παρισίων (Συνθήκη Ειρήνης με την Ιταλία).